海口港地理位置十分优越，地处海南岛北端，与雷州半岛隔海相望，是海南省北部水运交通枢纽。三个港区的具体位置是：

1.秀英港区位于琼州海峡南侧之海口湾南岸，在南渡江支流海甸溪入海河口外方，地理坐标为东经 110°16 ′ 27 ′′ ，北纬 20°01 ′ 24 ′′ 。由于秀英港地处南海船运中枢，自古以来就成为从我国大陆沿海港口到东南亚各地通航贸易的船舶的必经之港，因此，素有“琼州门户”之称。

2. 新港港区位于海口湾海甸溪入海口左岸，地理坐标为东经 110°19 ′ 27 ′′ ，北纬 20°03 ′ 05 ′′ 。

3. 马村港区位于海南岛西北部，琼州海峡澄迈湾之西，港靠马村镇，与东水港、黄花港毗邻，地理坐标为东经 110°01 ′ 18 ′′ ，北纬 19°57 ′ 18 ′′ 。